Sailor Moon S to trzecia część serii anime o wojowniczce w marynarskim mundurku. Czarodziejki znów muszą zjednoczyć swe siły w walce z nowym wrogiem - szalonym profesorem Souichi Tomoe. Tworzy on, wraz z pięcioma pomagającymi mu kobietami, Bractwo Śmierci. Ich działania mają na celu zniszczenie świata. Chcą tego dokonać za pomocą trzech Talizmanów - przedmiotów o wielkiej sile, po których połączeniu, powstanie Graal - magiczny puchar, który w złych rękach może doprowadzić do zagłady świata, a w dobrych, może go uchronić.
W serii tej pojawiają się trzy nowe Czarodziejki. Czarodziejki z Neptuna i z Urana szukają Graala, aby przekazać go w ręce Mesjasza Dobra i nie dopuścić do zagłady świata. Trzecią Czarodziejką jest natomiast córka profesora Tomoe - Hotaru, inaczej Czarodziejka z Saturna.

Trzecia seria anime "Czarodziejka z Księżyca". Znane z poprzednich częsci wojowniczki pozostają dwie inne czarodziejki - Czarodziejkę z Urana (Sailor Uranos) i Czarodziejkę z Neptuna (Sailor Neptun). Obie, ukrywające swoją tożsamość przed innymi wojowniczkami, poszukują trzech talizmanów - lusterka, miecza i medalionu - ukrytych w czystych ludzkich sercach (potem się okazuje, że dwa z owych talizmanów znajdują się w sercach wojowniczek z Urana i Neptuna, zaś trzeci posiada Czarodziejka z Plutona). Owe talizmany są kluczem do odnalezienia Świętego Graala, który w rękach Mesjasza Światła może ocalić świat przed Wielką Ciszą, która nastąpi, jeśli Graal trafi w ręce Mesjasza Ciszy. Niestety, owych talizmanów poszukuje również opętany przez złowrogie kosmiczne siły profesor Tomoe stojący na czele Bractwa Śmierci, który zamierza przekazać Graal Mesjaszowi Ciszy, którym jest jedna z wojowniczek - Czarodziejka z Saturna (Sailor Saturn), a zarazem córka profesora Tomoe - Hotaru, opętana przez jednokomórkową istotę znaną jako Mistress 9. Demony Bractwa Smierci atakują potencjalnych posiadaczy czystych serc, m. in. wojowniczki, które znamy z poprzednich serii. W pewnym momencie serii do teraźniejszości powraca Chibi-Usa jako nowa wojowniczka - Mała Czarodziejka z Księżyca (Sailor Chibi Usa), która uczyniła to na prośbę swojej mamy - dziewczynka ma za zadanie przede wszystkim znaleźć przyjaciela. Chibi-Usa zaprzyjaźnia się z Hotaru, która ze względu na to, iż Mistress 9 czasem przejmuje nad nią kontrolę i krzywdzi każdego, kto znajdzie się w jej zasięgu (raz nawet zabiła złotą rybkę dziewczynki), jest samotna i nie ma przyjaciół. Owa przyjaźń przeżywa jednak trudne chwile, gdy wychodzi na jaw podwójna tożsamość Hotaru. Wojowniczki z Urana, Neptuna i Plutona, które nie mają pojęcia o opętaniu dziewczynki przez Mistress 9, zamierzają ją zabić, by uratować świat przed Wielką Ciszą. Sprzeciwiają się temu pozostałe wojowniczki i Tuxedo Kamen. Sytuacja tymczasem staje się coraz bardziej nieciekawa: mimo odnalezienia talizmanów i Świętego Graala, przemiany Usagi w Super Sailor Moon, a także pokonywania kolejnych członkiń Bractwa Smierci z Domku Pięciu Wiedźm, wojowniczki nie znają tożsamości Mesjasza Światła, tracą kontakt z Hotaru, nad którą Mistress 9 przejmuje coraz większą kontrolę, a w dodatku członkowie Bractwa Śmierci poznają ich prawdziwe tożsamości...

W tej części zjednoczone już ponownie czarodziejki muszą stawić czoła opanowanemu przez złe moce profesorowi Souichi Tomoe i jego sługom. Ów profesor oddał swą duszę pod władanie złych mocy w zamian za ratunek dla swej córki Hotaru. Jego celem jest przyzwanie kreatury zwanej Pharaoh 90 mającej sprowadzić zagładę na ten świat. Przybycie niszczyciela ma poprzedzić pojawienie się Mesjasza - Mistress Nine. Profesor wiele szukał jednak wkrótce się okaże że to czego potrzebowął jest naprawdę bardzo blisko. Czy znów Czarodziejki ich wiara w miłość i sprawiedliwość są w stanie ocalić świat?