Serial poprzedza długometrażowy film wprowadzający widzów w losy stacji kosmicznej Deep Space Nine.
Benjamin Sisko, komandor stacji kosmicznej Deep Space Nine, opuszczonej przez Kardazjan, a zajętej przez Bajoran i Federacje, odkrywa pierwszy stabilny tunel nadprzestrzenny. Stacja położona jest koło planety Bajor, a jej mieszkańcy uznają Sisko za wysłannika ich bóstw. Tunel prowadzi do kwadrantu Gamma, po drugiej stronie galaktyki. Ta część galaktyki zdominowana jest przez Dominium - groźną, wrogo nastawioną rasę. Załoga Deep Space Nine zaczyna toczyć walkę w obronie tej części galaktyki (kwadrantu Alfa) przed nieprzyjaciółmi, i oprócz tego czeka ją wiele groźnych niesamowitych przygód...
Serial powstał bezpośrednio po filmie o tej samej nazwie - a cała seria liczy 176 odcinków.

Orbitując wokół wyzwolonej spod kardazjańskiej okupacji planety Bajor, załoga stacji kosmicznej Deep Space Nine nadzoruje otwarcie stabilnego korytarza nadprzestrzennego, który był znany już od wieków Bajoranom jako Podniebna Świątynia ich Proroków. Kapitan Sisko, odkrywając tunel i jego mieszkańców, staje się Emisariuszem z bajorańskiej przepowiedni. Drugi koniec korytarza znajduje się w kwadrancie Gamma, oddalonym o pół galaktyki od planety Bajor. Ta część kosmosu jest opanowana przez wrogie Dominium. Jego przywódcami są Zmiennokształtni, rasa potrafiąca przybrać dowolną formę czy postać, której to przedstawicielem jest Odo, należący do załogi stacji. W pewnym momencie Kardaz postanawia przyłączyć się do Dominium, by razem stawić czoła Federacji i jej sojusznikom. Wojna ta będzie jedną z najtrudniejszych prób dla Federacji Zjednoczonych Planet, a załoga stacji kosmicznej Deep Space Nine będzie musiała stanąć do walki w imię swych przekonań i utrzymania pokoju w tej części galaktyki...