Kubo jest dobrym, pokornym chłopcem, który u boku matki mieszka w skromnej wiosce na końcu świata. Każdy dzień toczy się tym samym spokojnym rytmem - do czasu, kiedy chłopca odwiedza duch przeszłości, który zmienia jego przeznaczenie. Aby przetrwać, Kubo musi odnaleźć magiczną zbroję należącą do jego ojca - największego samuraja, jakiego kiedykolwiek nosiła Ziemia. W poszukiwaniach towarzyszą mu dobre duchy i pradawne bóstwa, które wspierają go magicznymi mocami. Tak Kubo wyrusza w fascynującą, pełną niebezpieczeństw podróż śladami swej rodziny. Podróż ta pozwoli mu poczuć dumę z tego, kim jest i uwierzyć, że możliwe jest wszystko.

Urwisty nadmorski klif to miejsce, w którym chłopiec o imieniu Kubo mieszka wspólnie z matką. W położonej nieopodal rybackiej wiosce chłopiec dzieli się z mieszkańcami swoją magiczną umiejętnością ożywiania origami. Spokojne życie przerywa pojawienie się ducha z przeszłości, który domaga się vendetty, pomszczenia tego, co stało się przed laty. Kubo wyrusza w nieprawdopodobną podróż, której celem jest rozwiązanie zagadki jego zaginionego przed laty ojca, największego samuraja, jaki kiedykolwiek chodził po Ziemi.