Nastoletni Paweł jest utalentowanym sportowcem pochodzącym z biednej nadmorskiej miejscowości. Gdy od lekarzy dowiaduje się, że jego matka jest śmiertelnie chora i może liczyć tylko na cud postanawia zawrzeć umowę z Matką Boską. Wyrusza na Jasną Górę by "wymodlić" zdrowie swojej mamy. W ślad za nim podąża nauczyciel w-f'u, któremu wskutek nadużywania alkoholu grozi zwolnienie z pracy.

Pawełek (Adam Werstak) to 12-letni chłopak który, dowiaduje się, że  jego chorująca na raka matka umiera. Lekarz mówi chłopakowi, że tylko cud może uratować jej życie. Jest on ministrantem, mocno wierzącym w to, że cuda się zdarzają. Postanawia pobiec do Częstochowy wierząc, że gdy tego dokona, stanie się cud i matka wyzdrowieje. Początkowa próba ucieczki z bratem szybko zostaje udaremniona. Pawełek okłamuje matkę, że wyruszy w podróż z całą pielgrzymką, ale wiedząc, że nie ma dużo czasu, biegnie sam.
W podróży wspiera go mający problem z nadużywaniem alkoholu, nauczyciel wychowania fizycznego (Robert Więckiewicz), który w trosce o własne stanowisko postanawia wyruszyć w długą podróż z chłopcem. Szybko pojawiają się pierwsze problemy...

Małe nadmorskie miasteczko. Matka 12-letniego Pawełka umiera na raka. Dziecko, chcąc wymodlić jej cudowne ocalenie, wyrusza na pielgrzymkę do Częstochowy. Chłopakowi, który ma do przebiegnięcia 350 kilometrów, w rozklekotanym mercedesie będzie towarzyszył borykający się z problemem alkoholowym nauczyciel wychowania fizycznego.

"Wszystko będzie dobrze" ma dwóch wiodących bohaterów. Jednym z nich jest 12-letni chłopiec, którego wiara zostaje wystawiona na próbę. Drugim zaś - 35-latek, który sam nie zdając sobie z tego sprawy, pragnie zbliżyć się do Boga. Obydwu bohaterów łączy sport. Chłopiec jest lekkoatletycznym talentem i świetnie wypada na długich dystansach, a mężczyzna jest nauczycielem wychowania fizycznego w szkole podstawowej i alkoholikiem. Obaj z zupełnie różnych powodów, wyruszą na pielgrzymkę do Częstochowy - miejsca świętego. Dla obu dotarcie do Jasnej Góry stanie się próbą charakteru. Czy na koniec odnajdą wyższy sens swojej wyprawy?